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blastp使用教程

2022-10-05 18:00:02  来源:新浪  用户: 
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blastp使用教程】BLASTP是用于蛋白质序列比对的常用工具,适用于寻找相似蛋白质序列。以下是其基本使用方法和参数说明。

参数 说明
-query 输入查询序列文件
-db 指定数据库名称
-out 输出结果文件名
-evalue 设置期望值阈值(如1e-5)
-num_threads 设置线程数以加快计算
-outfmt 设置输出格式(如“6”为表格格式)

使用时,需先准备好FASTA格式的查询文件,并确保数据库已正确安装。运行命令示例:`blastp -query seq.fasta -db nr -out result.txt -evalue 1e-5 -num_threads 4 -outfmt 6`。

通过合理设置参数,可提高比对效率与准确性。建议根据具体需求调整参数,以获得最佳结果。

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